Spy Hunter — это гоночная игра с вертикальной прокруткой, в которой игрок выступает в роли шпиона за рулем вооруженного спортивного автомобиля. Цель игры — проехать по автостраде, уничтожая как можно больше вражеских машин, защищая при этом гражданские машины. В игре используется перспектива сверху вниз.
Игра начинается с того, что игрок управляет вымышленным перехватчиком G-6155. Машина оснащена пулеметом с неограниченным боезапасом.
Различные вражеские транспортные средства пытаются уничтожить машину игрока или сбить ее с дороги, в том числе вертолет, сбрасывающий бомбы сверху. Счетчик увеличивает счет во время движения автомобиля и на дороге. Дополнительные очки зарабатываются за уничтожение техники противника с помощью оружия или вытеснение ее с дороги. По истечении начального времени, в течение которого у игрока есть неограниченный запас автомобилей, игрок должен заработать дополнительные машины, достигнув порогового значения очков. Уничтожение машин, не являющихся врагами, на короткое время останавливает счетчик очков, и очки не начисляются, когда машина игрока съезжает с дороги. Автомобиль может быть уничтожен при жестком столкновении с другим транспортным средством, при попадании в него вражеского оружия (в том числе воронок, образовавшихся на дороге от бомб вертолета), или при отбеге достаточно далеко от проезжей части (или водного пути).
Следуя периодическим развилкам дороги, игрок может попасть в новые регионы с другим рельефом или погодными условиями. Игрок также может приобрести специальное оружие, войдя в фургон с оружием, который появляется на каждой новой территории и может периодически вызываться, нажимая кнопку на руле, когда индикатор на приборной панели мигает. Доступное специальное оружие состоит из нефтяных пятен, дымовых завес и ракет класса «земля-воздух»; каждый управляется отдельной кнопкой, а индикаторы на приборной панели указывают, какие из них доступны в любой момент времени. Специальное оружие имеет ограниченный запас боеприпасов и теряется при уничтожении машины игрока.

В определенные моменты у игрока будет возможность на короткое время превратить машину в скоростной катер, проехав через эллинг; в других случаях игрок будет вынужден совершить переход. Лодки противника могут атаковать спереди или сзади, а вертолет может сбрасывать бомбы сверху. В режиме скоростного катера нефтяное пятно становится огнеметом, а дымовая завеса и ракеты остаются неизменными.

В игре нет финала, и игра продолжается до тех пор, пока игрок не потеряет все машины.