В Reef Encounter цель состоит в том, чтобы вырастить самые большие и крепкие кораллы на рифе, а затем скормить их рыбе-попугаю за короткое время. Очки начисляются в конце игры за количество и тип полипов, которые съела ваша рыба-попугай.
Каждый ход в игру вплывают новые личинки кораллов. Кубики личинок позволяют игрокам размещать на игровом поле плитки полипов и создавать новые и более крупные кораллы. Затем креветки колонизируют эти кораллы и защищают кораллы от нападения.
Коралл состоит из одной или нескольких соединенных плиток полипов. Кораллы размером с два и более полипа могут атаковать другие более слабые виды кораллов. Полипы пораженного коралла можно перерабатывать в новые полипы или использовать для получения цилиндров водорослей или кубов личинок.
Именно цилиндры из водорослей усиливают одни виды кораллов по сравнению с другими. Цилиндр с водорослями также может зафиксировать иерархию между двумя конкретными типами кораллов до конца игры.
Встреча на рифе обычно заканчивается, когда устанавливается иерархия всех кораллов или когда рыба-попугай одного игрока съедает четыре коралла.